Hay varias formas de copiar archivos y carpetas a un servidor o desde un servidor. Cuándo trabajamos remotamente siempre conviene hacerlo de forma segura.

Existe para ese propósito el protocolo SCP que nos deja copiar archivos entre servidores a través de una conexión segura a través de SSH. Utilizando este protocolo los datos son cifrados antes de transferirlos y son descifrados al llegar al destino. De esta manera aunque un atacante interfiera en la comunicación lo único que tendrá serán los archivos cifrados.

En linux tenemos un programa que utiliza este protocolo llamado SCP (Secure CoPy) para copiar archivos a través de ssh, el cual viene incluido en el paquete OpenSSH.

Antes de nada hay que instalar OpenSSh en caso de que no lo tengas instalado. Normalmente viene viene instalado en las distribuciones más comunes.

Instalar en Debian:


Copiar del equipo local al servidor

Y para copiar carpetas.
[usuario@equipo ~]$ scp -r imagenes/. usuario@servidor.com:~/Images

Copiar del servidor al equipo

Para copiar archivos individualmente.

Y para copiar carpetas.

fuente: man scp // Manual de scp en la terminal de linux